Pemotor yang nekat melintas di jalan tol dengan sengaja juga bisa dijatuhi sanksi. Pasal 63 ayat 6 Undang-undang Nomor 38 Tahun 2004 tentang Jalan menyatakan setiap orang selain pengguna jalan tol dan petugas yang sengaja memasuki jalan tol dapat dihukum maksimal 14 hari penjara dan denda maksimal Rp3 juta.
Aturan tersebut kemudian direvisi lewat PP Nomor 44 Tahun 2009 yang menambahkan satu ayat pada Pasal 38. Dalam aturan yang direvisi itu, sepeda motor dapat melintas, tapi hanya di jalan tol yang memiliki ruas jalan khusus bagi motor. Dua jalan tol di Indonesia yang bisa dilalui sepeda motor adalah Bali Mandara dan Suramadu. Itu karena jalan bebas hambatan ini memiliki jalur khusus sehingga tidak tercampur dengan kendaraan roda empat atau lainnya.