Anies masih sepupu dengan mantan Penyidik KPK, Novel Baswedan. Keduanya mempunyai kakek yang sama yakni Abdul Rahman atau Abdurrahman (AR) Baswedan.
Kakek dari Anies, A.R Baswedan adalah seorang jurnalis, tokoh pejuang kemerdekaan Indonesia, diplomat dan serta sastrawan Indonesia.
A.R Baswedan pernah menjadi anggota Badan Penyelidik Usaha dan Persiapan Kemerdekaan Indonesia (BPUPKI), hingga Wakil Menteri Muda Penerangan RI kedua pada Kabinet Sjahrir.
A.R Baswedan disebut sebagai salah satu diplomat pertama Indonesia yang berhasil mendapatkan pengakuan de jure dan de facto pertama bagi eksistensi Republik Indonesia dari Mesir. Oleh karena itu, kakek Anies Baswedan kini dikenal sebagai salah satu tokoh pejuang kemerdekaan dan pahlawan nasional.
Akar klan keluarga Baswedan di Indonesia bermula dari kakek A.R Baswedan, yakni Umar Baswedan dan kakaknya yang bernama Ali Baswedan.