Kepolisian menerapkan rekayasa lalu lintas dengan menggunakan dua jalur tol dan non tol. Kendaraan yang akan menuju ke Pelabuhan Bakauheni dibagi menjadi dua jalur, yaitu melalui fly over Merak dan jalur alternatif non tol.
Rekayasa lalu lintas ini efektif dalam mengurai kemacetan. Saat ini, arus lalu lintas di kawasan Gerbang Exit Tol Pelabuhan Merak terpantau normal dan landai.
Kendaraan yang melintas masih didominasi oleh mobil pribadi. Bus penumpang dan truk pengangkut barang dialihkan ke Pelabuhan Bandar Bakau Jaya (BBJ).