Ia mengawali kariernya sebagai Kepala Seksi I.C.3.2 Auditoriat Utama Keuangan Negara I. Kariernya mulai meningkat setelah ia terpilih untuk mewakili Kepulauan Riau sebagai Kepala Sekretariat BPK di sana, pada tahun 2017.
Sebelumnya, ia juga pernah menjabat sebagai Kepala Sekretariat Perwakilan BPK Provinsi Jawa Timur pada Tahun 2015. Dari Kepulauan Riau beliau melanjutkan kariernya sebagai Kepala Perwakilan BPK Kalimantan Barat pada tahun 2018.
Hal itu tertuang dalam Keputusan Sekretaris Jenderal BPK Nomor 228/K/X-X.3/08/2018 tentang Pengangkatan, Pemindahan, dan Pemberhentian dalam dan dari Jabatan Pimpinan Tinggi Pratama pada Pelaksana Badan Pemeriksa Keuangan.
Sampai akhirnya pada 2020 ia kembali dipindahkan menjadi Kepala Perwakilan BPK Provinsi Jawa Timur. Selesai menjabat di Provinsi Jawa Timur, pada September 2022 ia dipercaya untuk menjabat sebagai Kepala BPK lagi, namun kali ini mewakili Provinsi Bali, menggantikan Wahyu Priono.
Sekarang ia tengah menjalankan tugasnya sebagai Kepala Perwakilan BPK Provinsi DKI Jakarta. Pelantikannya yang dilaksanakan pada hari Rabu (15/2/2023) kemarin.
Halaman kantor Balai Kota DKI Jakarta dibanjiri dengan karangan bunga sebagai ucapan selamat dan doa untuk kelancaran Joko Agus Setyono, dalam mengemban tanggung jawabnya yang baru.
Seperti itu lah profil Joko Agus Setyono. Semoga dilancarkan, semangat dan sukses dalam menjalankan tugas barunya!