Karier Jhonny semakin menanjak saat dipercaya menjadi Kapolrestabes Surabaya pada 2020. Setahun setelahnya, dia dipromosikan menjadi Wakapolda Sulawesi Utara.
Di akhir 2023, Jhonny dilantik sebagai Kapolda Papua Barat menggantikan Irjen Daniel Tahi Monang Silitonga.
Selain itu, Jhonny Edison Isir juga memiliki pengalaman dalam berbagai penugasan penting, seperti menjadi Satgas BBM Ilegal Batam pada 2005, Satgas Bareskrim Polri pada 2021, serta Kasatgas Antikorupsi Polda Papua pada 2013.