Antasari memulai karier di BPHN Departemen Kehakiman (1981-1985). Kemudian, dia lolos menjadi jaksa fungsional di Kejaksaan Negeri Jakarta Pusat dari 1985 sampai 1989.
Tercatat, Antasari pernah menjabat Jaksa Fungsional di Kejaksaan Negeri Tanjung Pinang (1989-1992), Kasi Penyidikan Korupsi Kejaksaan Tinggi Lampung (1992-1994), dan kemudian Kasi Pidana Khusus Kejaksaan Negeri Jakarta Barat (1994-1996). Antasari juga pernah menjabat Kepala Kejaksaan Negeri Baturaja (1997-1999).
Setelah itu, dia memulai karier di jajaran Kejaksaan Agung. Tahun 1999, dia menjadi Kasubdit upaya hukum pidana khusus Kejaksaan Agung, Kasubdit Penyidikan Pidana khusus Kejaksaan Agung (1999-2000) dan terakhir sebagai Kepala bidang hubungan media massa Kejaksaan Agung (2000).
Nama Antasari mulai dikenal publik saat menjabat Kepala Kejaksaan Negeri Jakarta Selatan (2000-2007). Pada saat itu, dia gagal mengeksekusi Tommy Soeharto setelah putusan Mahkamah Agung (MA) turun.
Hal tersebut saat eksekusi paksa terhadap Tommy hendak dilakukan pada siang hari tidak berhasil. Pasalnya, Tommy sudah tidak lagi berada di Cendana. Kejadian tersebut memunculkan pendapat bahwa saat itu Antasari sengaja mengulur-ulur waktu eksekusi.