Rencana sederhana itu lalu berubah menjadi malapetaka lantaran pasukan di lapangan justru membunuh jenderal-jenderal yang dimaksud. Pemimpin operasi G30S, Komandan Batalyon I Resimen Tjakrabirawa Letkol Untung bersaksi bahwa operasi itu awalnya diberi nama Operasi Takari.
Namun karena dianggap terlalu militer, akhirnya nama tersebut menjadi Gerakan 30 September (G30S).
Operasi ini seharusnya berlangsung pada tanggal 30 September. Namun, akhirnya diundur 1 hari menjadi 1 Oktober 1965 dini hari sebagai persiapan.
G30S adalah istilah yang akhirnya resmi dipakai oleh pemerintah Orde Baru untuk menyebut peristiwa tersebut. Istilah itu dimuat dalam buku 40 Hari Kegagalan G-30-S yang dikeluarkan oleh Departemen Pertahanan, 40 hari setelah peristiwa 30 September 1965.
Namun, istilah itu berubah menjadi G30S/PKI karena diyakini bahwa peristiwa pembunuhan Dewan Jenderal itu didalangi oleh Partai Komunis Indonesia (PKI).