1. Pondok Pesantren Darussalam Gontor Ponorogo
Jika membahas pondok pesantren terbaik di Indonesia, tentunya akan membicarakan Ponpes Darussalam Gontor. Ponpes ini didirikan pada tahun 1926, menjadi norma pengajaran pesantren modern di Indonesia.
Model pengajarannya terus menjadi acuan, dan para alumninya telah menyebar ke berbagai belahan dunia.
2. Pondok Pesantren Sidogiri Pasuruan
Pondok Pesantren Sidogiri Pasuruan yang telah hadir sejak abad ke-17 menekankan pengajaran teologi, syariah dan akhlakul karimah. Sidogiri telah melahirkan ulama besar sejak pendiriannya, seperti Syaikhona Cholil Bangkalan.
3. Pondok Pesantren Darunnajah Jakarta
Pondok Pesantren Darunnajah Jakarta didirikan pada tahun 1974 yang memiliki sistem kurikulum terpadu, pengajaran bahasa Arab dan Inggris serta pendidikan berasrama.
Saat ini, Darunnajah telah berkembang dengan 17 cabang dan 57 unit pengajaran.
4. Pondok Pesantren Langitan Tuban
Pondok Pesantren Langitan Tuban merupakan lembaga pendidikan Islam tertua di Indonesia, berdiri sejak tahun 1852. Langitan memadukan metode klasikal dan non-klasikal dalam pendidikannya.