Menurut Prabowo, Operasi Mapenduma sangat sulit karena lokasi penyanderaan di tengah hutan. Apalagi pada 1996, TNI belum memiliki satelit, drone dan pesawat pengintai yang baik sehingga sangat sulit mendapatkan data intelijen yang mutakhir.
Bahkan, TNI juga tidak memiliki peta topografis skala 1:50.000. Yang ada hanya peta bagan yang terbuat dari tangan. Peta inilah yang akhirnya diperbanyak.
"Menjelang waktu akhir harus mengambil keputusan untuk menentukan sasaran, saya bertanya kepada tim intelijen di mana posisi komandan pasukan GPK Kelly Kwalik dan para sandera. Saat kita menentukan sasaran tidak ada alat bantu sama sekali. Analisis intelijen sangat menentukan sekali," kata Prabowo.
Tim intelijen meyakini penyandera dan sandera berada di dalam salah satu dari enam titik dalam 2-3 hari. Karena tidak ada exact location, Prabowo kemudian memutuskan enam titik sesuai yang diberikan tim intelijen sebagai sasaran operasi. Penyerbuan dilakukan dengan menggunakan enam helikopter serbu.
Menjelang operasi dimulai, Prabowo diberi tahu oleh tim peninjau dari luar negeri yakni Inggris. Mereka menyampaikan telah berhasil menyelundupkan satu alat (beacon) pada saat mereka menitip obat-obatan, makanan dan pakaian kepada Palang Merah Internasional kepada para sandera. Alat itu bisa memberi sinyal dan menentukan exact location.