Setelah kemerdekaan Indonesia, Ernest Douwes Dekker pulang ke Indonesia dan kembali mengabdikan diri untuk Tanah Air. Dalam Kabinet Syahrir III, dia diangkat menjadi Menteri Negara dan juga sebagai penasihat delegasi RI dalam perundingan-perundingan dengan Belanda
Namun, lagi-lagi dia kembali ditangkap Belanda karena Agresi Militer II. Setelah bebas, Ernest Douwes Dekker menetap di Bandung hingga akhir hayatnya. Dia meninggal pada 28 Agustus 1950 dan dimakamkan di TMPN Cikutra Bandung.
Atas jasa-jasa dan perjuangannya, Ernest Douwes Dekker ditetapkan sebagai pahlawan nasional pada tahun 1961 berdasarkan SK Nomor 590 Tahun 1961 tertanggal 9 November 1961.