Sementara itu ada 3 bandara khusus yang juga dapat melayani penerbangan internasional, yaitu:
1. Bandar Udara Khusus Sultan Syarief Haroen Setia Negara, Kabupaten Pelalawan, Provinsi Riau;
2. Bandar Udara Khusus Weda Bay, Kabupaten Halmahera Tengah, Provinsi Maluku Utara; dan
3. Bandar Udara Khusus Indonesia Morowali Industrial Park (IMIP), Kabupaten Morowali, Provinsi Sulawesi Tengah.
Selain itu, KM 38/2025 juga menetapkan Bandara Bersujud yang merupakan bandar udara yang dikelola oleh Pemerintah Daerah yang terletak di Kabupaten Tanah Bumbu, Provinsi Kalimantan Selatan, sebagai bandar udara internasional dengan ketentuan melengkapi persyaratan dalam waktu enam bulan, termasuk dokumen pertahanan, kepabeanan, keimigrasian, dan kekarantinaan, serta memastikan koordinasi FAL Bandar Udara berjalan dengan baik.