Program makan bergizi gratis di pesantren akan menggunakan sistem prasmanan. Peserta didik diminta untuk mengantre dengan tertib, mengambil makanan secukupnya dan menghormati teman-teman sekelasnya.
Surat edaran juga mengatur jadwal pembagian makan bergizi gratis. Berikut jadwalnya
a. Peserta didik PaudQu dan Kelas 1-2 SPM/PDF/PKPPS jenjang Ula: makanan dibagikan pukul 08.00 waktu setempat
b. Peserta didik kelas 3-6 SPM/PDF/PKPPS jenjang Ula: makanan dibagikan pukul 09.30 waktu setempat
c. Peserta didik SPM/PDF/PKPPS jenjang Wustha dan Ulya: makanan dibagikan pukul 12.00 waktu setempat