Selain itu, pelaksanaan proyek tersebut tidak mengindahkan feasibility study dan jalur trace oleh Kementerian Perhubungan. Kepala Balai Perkeretaapian juga memindahkaan jalur yang sudah ditetapakan ke jalur eksisting, sehingga jalur yang sudah dibangun mengalami kerusakan parah di beberapa titik dan bahkan tidak bisa dipakai.
"Proyek ini nilainya menggunakan APBN Rp1,3 triliun. Penghitungan kerugian negara masih dihitung melihat jalurnya kemungkinan besar kerugian adalah total loss," katanya.