Selama anggota DPR tidak lagi mendapat fasilitas rumah dinas, tunjangan ini diberikan sebagai uang pengganti sewa rumah untuk mendukung pelaksanaan tugas sebagai pejabat negara, apalagi banyak anggota DPR berasal dari daerah yang harus menetap di Jakarta selama masa jabatan. Dengan begitu, total penghasilan yang diterima seorang anggota DPR termasuk Misbakhun sudah jauh melebihi rata-rata pendapatan masyarakat Indonesia.
Berdasarkan informasi dari berbagai sumber, pendapatan tahunan anggota DPR bisa mencapai Rp 2,8 miliar, dan biaya yang dikeluarkan negara untuk gaji dan tunjangan 580 anggota DPR diperkirakan mencapai Rp 1,6 triliun dalam setahun. Meski demikian, kebijakan ini memicu kritik karena dianggap terlalu besar di tengah kondisi ekonomi masyarakat yang sedang sulit .
Isu panas setelah muncul informasi bahwa Misbakhun ikut serta dalam Sydney Marathon 2025 di Australia. Namun, kabar ini segera dibantah oleh Misbakhun sendiri. Ia menegaskan bahwa dirinya tidak pernah mendaftar apalagi berpartisipasi dalam ajang lomba marathon tersebut.
Kunjungan ke Australia yang dilakukan oleh Komisi XI DPR, termasuk Misbakhun, adalah kunjungan kerja resmi dengan agenda membahas RUU Pengembangan dan Penguatan Sektor Keuangan bersama mitra kerja seperti Bank Indonesia dan Kementerian Keuangan. Daftar nama yang menyebut Misbakhun sebagai peserta lomba diduga merupakan kesalahan atau pendaftaran tanpa persetujuan oleh pihak agen perjalanan.
Status Misbakhun dalam daftar peserta adalah "DNS" (Did Not Start), yang artinya tidak mengikuti perlombaan. Kunjungan ini juga diselenggarakan jauh sebelum gelombang demonstrasi besar yang terjadi di dalam negeri yang menuntut peninjauan kembali kenaikan tunjangan DPR.
Klarifikasi ini mencoba meredam perdebatan publik yang sempat menyudutkan Misbakhun terkait prioritas tugasnya sebagai wakil rakyat dan penggunaan waktu serta dana negara saat berada di luar negeri .
Gaji Misbakhun anggota DPR RI menjadi topik kontroversial yang sebenarnya bermula dari kesalahpahaman terkait daftar peserta marathon. Secara fakta, Misbakhun menerima gaji dan tunjangan yang sudah diatur oleh pemerintah dengan total penghasilan mencapai ratusan juta rupiah per bulan.