Lantaran hal tersebut, dia mengatakan lahirlah TAP MPR Nomor VI dan VII Tahun 2000. Beleid itu kemudian memisahkan TNI dan Polri secara struktural.
Mahfud menuturkan TNI bersama tiga matranya dipimpin Panglima TNI dan memiliki counterpart atau rekan Menteri Pertahanan (Menhan). Sementara Polri ditempatkan langsung di bawah presiden tanpa perantara kementerian agar lebih mandiri.
"Polri sendiri, TNI sendiri. Lalu, TNI karena ada tiga matra ada koordinatornya. Koordinator itu bukan atasan, tetapi semacam counterpart koordinasi administrasi itu namanya Menteri Pertahanan, saya pernah jadi Menteri Pertahanan. Lalu, Polri langsung ke presiden," ujarnya.
Sejak awal reformasi, kata dia, reputasi Polri sempat membaik hingga sekitar 2011. Namun, menurutnya, terdapat penurunan kinerja hingga muncul perdebatan akar masalah terletak pada struktur kelembagaan atau aspek lain.
"Reputasinya itu kalau saudara lihat tahun, taruhlah sejak awal reformasi tahun 2001 sampai pertengahan tahun '11-an gitu ya, itu kan bagus sekali Polri. Mandiri, berani, tegas, gitu. Tapi akhir-akhir ini kok gitu? Apakah itu ada di struktur atau bukan? Nah itu diskusi kita sekarang," ujarnya.