Sayang, pemerintah masih mempersulit kaum wanita yang ingin mendaftar menjadi dokter dengan mengharuskan membayar biaya pendaftaran, serta menanggung biaya hidup sendiri. Padahal, pelajar laki-laki dibiayai penuh oleh pemerintah.
Melansir laman resmi Muskitnas Kemdikbud, akhirnya beberapa perempuan Belanda di Batavia mendirikan sebuah yayasan untuk memberi bantuan pendidikan bagi perempuan pribumi yang ingin menjadi dokter bernama Studiefonds voor Opleiding van Vrouwelijke Inlandsche Artsen (SOVIA).
Marie Thomas pun berhasil mendapatkan beasiswa tersebut untuk melanjutkan pendidikannya di STOVIA pada 22 September 1912. Kala itu, ia bahkan menjadi satu-satunya wanita di antara pelajar 180 pelajar laki-laki.
Melihat hal itu, para warga sekitar mengizinkan Marie Thomas untuk tinggal di rumahnya padahal setiap pelajar diharuskan tinggal di asrama. Walaupun begitu, Marie tetap disiplin dan bertanggung jawab dengan peraturan di asrama STOVIA.
Pada 26 April 1922, Marie Thomas dinyatakan lulus dengan nilai yang memuaskan. Namanya pun menjadi perhatian karena berhasil menjadi dokter perempuan pertama di Tanah Air.
Usai lulus, pemerintah menugaskan Marie Thomas berdinas sebagai dokter pemerintah di Centrale Burgerlijke Ziekeninrichting (CBZ) atau sekarang dikenal sebagai RS Cipto Mangunkusumo. Selama itu, ia dikenal sebagai dokter spesialis ginekologi dan kebidanan yang bertalenta.