Pada masa penjajahan Belanda dan Jepang, sangat sulit menyebarkan agama Islam melalui pesantren. Namun pada tahun 1927, KH Zainal Mustafa mampu mendirikan pesantren Sukamanah dan mengembangkannya.
Dari tahun 1927 hingga 1944 ketika KH Zainal Mustafa dikenal sebagai kiai muda pemberontak yang berani melawan kolonialisme.
Zainal Mustafa juga pernah mengadakan pertemuan rahasia untuk melawan pemerintah kolonial Hindia Belanda. Karena sikapnya tersebut, Zainal Mustafa dan beberapa pendakwah lainnya ditangkap pada tanggal 17 November 1941 oleh penguasa kolonial dengan tuduhan berusaha mengajak masyarakat untuk memberontak terhadap pemerintah Hindia Belanda.
Hudaemi bersekolah di Sekolah Rakyat untuk sekolah formal pertamanya. Ia kemudian mulai belajar tentang agama dari guru agama di desanya.
Dia juga bersekolah di berbagai pesantren, termasuk di Pondok Pesantren Gunung Pari. Hudaemi menghabiskan waktu 17 tahun berpindah dari satu pesantren ke pesantren lainnya untuk belajar agama.