Setelah Indonesia merdeka, KH Masykur terlibat dalam berbagai aspek pemerintahan dan politik Indonesia. Dia pernah menjadi anggota Dewan Pertahanan Nasional, Menteri Agama Republik Indonesia dalam beberapa kabinet pemerintahan, anggota Dewan Perwakilan Rakyat (DPR), dan berperan dalam berbagai posisi penting dalam tubuh pemerintahan dan parlemen.
Dia pernah menjabat sebagai Ketua Umum Pengurus Besar Nahdlatul Ulama (PBNU), dan posisinya dalam PBNU sangat berpengaruh dalam perkembangan organisasi Islam terbesar di Indonesia. Selain itu, KH Masykur juga menjadi anggota Dewan Pertimbangan Agung dan menduduki berbagai posisi penting dalam partai politik seperti Partai Masyumi dan Partai Persatuan Pembangunan (PPP).
Pada tahun 1974, KH Masykur tampil sebagai pemimpin tertinggi dalam perjuangan santri melawan G30S/PKI. Santri di bawah pimpinan KH Masykur memegang peranan penting dalam menggagalkan upaya G30S/PKI yang berusaha mengambil alih pemerintahan di Indonesia.
Setelah mengakhiri karier politiknya, KH Masykur kembali fokus pada pengabdiannya di bidang pendidikan dan agama. Dia menjadi Ketua Dewan Pertimbangan Pusat Partai Persatuan Pembangunan (PPP) dan terus berkontribusi pada perkembangan pendidikan Islam di Indonesia.
KH Masykur adalah salah satu tokoh penting dalam sejarah Indonesia yang memberikan kontribusi besar dalam perjuangan kemerdekaan dan perkembangan Islam di Tanah Air. Kehidupan dan perjalanan kariernya mencerminkan keteguhan hati, semangat perjuangan, dan cinta yang mendalam terhadap agama dan bangsa.