Operasi Mapenduma merupakan operasi militer untuk membebaskan 26 peneliti yang tergabung dalam Ekspedisi Lorentz 95. Mereka disandera Organisasi Papua Merdeka (OPM) pimpinan Kelly Kwalik di Desa Mapenduma, Kecamatan Tiom, Jayawijaya, Papua. Operasi pembebasan sandera ini memakan waktu selama 129 hari.
Operasi pembebasan pun dimulai pada 8 Januari 1996 sejak dilaporkannya peristiwa penyanderaan tersebut. Sebagai pimpinan tertinggi operasi tersebut, Prabowo yang saat itu menjabat sebagai Danjen Kopassus bertanggung jawab terhadap keselamatan para sandera.
Upaya mediasi mulai menemukan titik terang, pada 13 Januari 1996, sembilan sandera dibebaskan di Desa Jigi, Kecamatan Tiom. Mereka terdiri dari empat karyawan puskesmas, tiga aparat desa dan dua guru sekolah dasar di Mapenduma. Namun pada 25 Januari, Daniel Koyoga, komandan operasi yang berada di bawah komando langsung Kelly Kwalik memutuskan hubungan.
Selang beberapa hari kemudian, Kogoya dan Kwalik mengeluarkan pernyataan lebih keras. Mereka menyatakan tak akan membebaskan para sandera, kecuali pemerintah mengakui kemerdekaan Republik Papua Barat.
Dalam bukunya berjudul, “Kepemimpinan Militer: Catatan dari Pengalaman Letjen TNI (Purn) Prabowo Subianto”. Menjelang operasi dimulai, Prabowo diberi tahu oleh tim peninjau dari luar negeri yakni Inggris. Mereka menyampaikan telah berhasil menyelundupkan satu alat (beacon) pada saat mereka menitip obat-obatan, makanan dan pakaian kepada Palang Merah Internasional kepada para sandera. Alat itu bisa memberi sinyal dan menentukan exact location.