Berlanjut di tahun 1921, pembangunan pelabuhan III kembali dilakukan, Walaupun sempat terhenti dan kembali dilaksanakan pada 1929, pelabuhan tersebut akhirnya selesai dibangun pada 1932 dengan panjang kade 550 meter di sebelah barat.
Saat masa penjajahan Jepang, pelabuhan Tanjung Priok diambil alih dari Belanda dan dikuasai oleh Djawa Unko Kaisya yang berada di bawah Kaigun atau Angkatan Laut Jepang.
Sayangnya, kondisinya saat itu rusak parah akibat penyerangan oleh Belanda pada 7 Maret 1942.
Karena itulah, Jepang berinisiatif untuk memperbaiki kondisi pelabuhan dan fasilitas yang rusak. Mereka menggerakkan tenaga Romusha untuk melakukannya.
Terdapat banyak versi mengenai asal mula penamaan ‘Tanjung Priok’. Namun pada dasarnya, nama pelabuhan ini terdiri dari dua kata, yakni ‘tanjung’ dan ‘priok’.