KAI Commuter juga memberlakukan pola rekayasa lalu lintas akibat kebakaran tersebut. Berikut rinciannya:
1. KAI Commuter sudah memberlakukan pola rekayasa operasi perjalanan KRL dengan KA 1753/1754 relasi Jatinegara-Bogor, khusus perjalanan Kampung Bandan-Bogor melewati lintas layang Jakarta Kota-Cikini untuk selanjutnya menuju Bogor
2. KA 2201 relasi Maja-Tanah Abang perjalanan hanya sampai Palmerah untuk selanjutnya kembali menuju Parung Panjang
3. KA 1547 relasi Nambo-Angke perjalanan hanya sampai Manggarai untuk selanjutnya kembali menuju Nambo.
4. KA 1763/1764 dan KA 1767/1768 relasi Bogor-Jatinegara tidak melewati Tanah Abang, dijalankan via Manggarai selanjutnya menuju Jatinegara
5. KA 1757/1758 relasi Jatinegara-Bogor tidak melewati Tanah Abang, dijalankan via Manggarai selanjutnya menuju Bogor
6. KA 2009 relasi Maja-Tanah Abang perjalanan hanya sampai Palmerah untuk selanjutnya kembali menuju Parung Panjang