Pada 1511 atau setelah penaklukan Istanbul oleh kekhalifahan Turki Utsmani, saat itu dipimpin oleh Atik Ali Pasha, Gereja Chora diubah menjadi masjid.
Ali Pasha kemudian menambahkan mihrab di bagian dalam bangunan yang menghadap kiblat serta mengubah menara lonceng menjadi tempat menyuarakan azan. Penamaan Chora pun diubah menjadi Masjid Kariye.
Karena larangan gambar ikonik dalam Islam, semua prasasti, simbol Kristen, lukisan dinding, dan mosaik ditutup dengan lapisan tipis cat dan kapur.
Pada 1948, Thomas Whittemore dan Paul A Underwood dari Byzantine Institute of America dan Dumbarton Oaks Center for Byzantine Studies, mensponsori program restorasi untuk membersihkan, memulihkan, dan melestarikan lukisan dinding di Chora yang telah diplester dan dilabur berulang kali.
Semua gambaran yang merepresentasikan gereja era Bizantium dihidupkan kembali. Pekerjaan itu berlangsung selama 12 tahun pada 1950-an. Pada 1958, Chora dibuka untuk umum sebagai Museum Kariye Muzesi.
Pada Novemer 2019, pengadilan administratif Turki menyetujui konversi Museum Kariye menjadi masjid. Lalu pada Jumat (21/8/2020), Presiden Erdogan mempertegas dengan memerintahkan perubahan museum tersebut menjadi masjid.
Berdasarkan pemantauan AFP di lokasi, Museum Kariye masih dibuka untuk umum setelah Erdogan mengeluarkan perintah. Ini berbeda dengan Hagia Sophia di mana saat itu bangunan langsung ditutup untuk umum karena dilakukan penyesuaian bagian dalam untuk tempat salat. Hagia Sophia untuk pertama kali menggelar Salat Jumat berjamaah bulan lalu.