Dia memicu kecaman terkait cuitannya berisi, ".. tidak akan membawa kita, tentara dan saya, dua pekan untuk merebut Nairobi."
Setelah komentar itu mengundang kecaman, Muhoozi menjelaskan komentar itu dibuat hanya bercanda.
“Saya tidak akan pernah menyerang tentara Kenya karena ayah mengatakan kepada saya untuk tidak pernah mencobanya! Jadi warga kita di Kenya harus santai," demikian isi cuitan selanjutnya.
Dia juga mengungkapkan penyesalan, kakaknya yang juga mantan presiden Kenya, Uhuru Kenyatta, tidak mencalonkan lagi untuk masa jabatan ketiga.
Pemerintah Kenya tidak mengomentari cuitan itu, sementara Kementerian Luar Negeri Uganda mengeluarkan pernyataan bahwa hubungan bilateral dengan negara tetangga tersebut tak terganggu.