Akan tetapi, amandemen konstitusi pada Desember 2002 secara efektif menghapus diskualifikasi Erdogan. Kemudian pada 9 Maret 2003, dia memenangkan pemilihan sela dan beberapa hari kemudian diminta oleh Presiden Ahmet Necdet Sezer untuk membentuk pemerintahan baru sebagai perdana menteri.
Pada 2007, terjadi ketegangan antara partai sekuler dengan AKP. Kelompok sekuler membawa Partai Erdogan ke Mahkamah Konstitusi untuk dibubarkan.
Selain itu Erdogan dan anggota AKP dilarang dari aktivitas politik selama 5 tahun. Namun Mahkamah Konstitusi membatalkan tuntutan tersebut.
Pasa masa awal kampanye tahun 2011, Erdogan menyampaikan janji untuk mengganti Konstitusi Turki dengan yang baru dengan tujuan memperkuat kebebasan demokrasi.
Beruntung, pada Juni, Erdogan kembali mendapatkan masa jabatan ketiga sebagai perdana menteri setelah memperoleh suara terbanyak.