Setelah diberhentikan dari jabatannya, Benazir dan keluarganya tinggal di pengasingan di London selama hampir sembilan tahun. Ia terus mengadvokasi demokrasi dari luar negeri, sementara suaminya sempat dipenjara atas tuduhan korupsi dan dibebaskan pada 2004.
Pada 2007, Benazir memutuskan kembali ke Pakistan untuk ikut serta dalam pemilu 2008. Kepulangannya disambut antusias oleh rakyat, namun juga diiringi ancaman keamanan. Beberapa jam setelah tiba, konvoinya diserang bom bunuh diri. Ia selamat, namun lebih dari 100 orang tewas.
Tragisnya, pada 27 Desember 2007, saat menghadiri kampanye di Rawalpindi, Benazir Bhutto ditembak di bagian leher oleh seorang pria yang kemudian meledakkan diri. Serangan itu menewaskan lebih dari 20 orang.
Benazir meninggalkan warisan politik besar. Dalam surat wasiat politiknya, ia menunjuk putranya, Bilawal Bhutto Zardari, yang saat itu baru berusia 19 tahun, sebagai penerus kepemimpinan PPP. Suaminya, Asif Ali Zardari, ditunjuk sebagai pelaksana tugas sementara.