Sejak pembantaian 29 umat Islam Palestina di masjid tersebut pada 1994, pihak berwenang Israel membagi kompleks masjid menjadi dua, yakni untuk jamaah Muslim dan Yahudi. Pembantaian 1994 dilakukan pemukim ekstremis Yahudi, Baruch Goldstein.
Komite Warisan Dunia UNESCO memutuskan pada Juli 2017 memasukkan Masjid Ibrahim dan Kota Tua Hebron dalam Daftar Warisan Dunia.
Hebron merupakan rumah bagi sekitar 160.000 umat Islam Palestina dan sekitar 500 pemukim Yahudi. Mereka tinggal di beberapa daerah kantong-kantong Yahudi yang dijaga ketat pasukan Israel.