Presiden Malawi Lazarus Chakwera telah memerintahkan operasi pencarian dan penyelamatan usai pejabat penerbangan tidak dapat menghubungi pesawat yang mengangkut Chilima.
Chakwera juga membatalkan jadwal penerbangannya ke Bahama setelah mendapat informasi tentang kejadian tersebut.
"Kami akan menyampaikan informasi terkini kepada publik mengenai perkembangan situasi begitu fakta-fakta sudah terungkap," kata kantor kepresidenan.
Jenderal Valentino Phiri kepada Chakwera mengatakan, belum mengetahui penyebab hilangnya pesawat tersebut.
Sementara Menteri Informasi Malawi, Moses Kunkuyu mengatakan kepada BBC, pihaknya melakukan upaya intensif untuk menemukan pesawat tersebut.
Chilima, yang berusia 51 tahun, telah menjadi wakil presiden negara di Afrika bagian selatan tersebut sejak tahun 2014. Sebelum berkarier di politik, ayah dua anak itu memegang peran kepemimpinan di perusahaan multinasional seperti Unilever dan Coca Cola.