Dalam bidang pendidikan, seluruh ulama penyebar Islam di Indonesia dan juga para walisanga menjadikan masjid atau pesantren sebagai pusat dakwahnya. Mereka mendidik dan mengajari masyarakat tentang agama Islam.
Penyebaran agama Islam melalui pendidikan yang berupa pesantren. Pesantren menjadi media yang efektif dalam proses Islamisasi di Indonesia.
Pesantren selain mengajarkan ilmu agama juga ketrampilan hidup yang lain. Selain itu juga menjadi tempat menempa ilmu untuk para calon juru dakwah agama Islam.
Di antara lembaga pendidikan atau pesantren pada masa awal perkembangan Islam adalah pesantren yang di dirikan Sunan Ampel dan juga Sunan Giri yang terkenal sampai pulau Maluku. Selain itu dilembaga pendidikan pesantren, murid yang sudah selesai belajar akan dikirim untuk berdakwah ke seluruh penjuru Indonesia.
Dikutip dari ditpontren.kemenag.go.id, Sejarah pendidikan di Indonesia mencatat, bahwa pondok pesantren merupakan bentuk lembaga pendidikan pribumi tertua di Indonesia. Ada dua pendapat mengenai awal berdirinya pondok pesantren di Indonesia. Pendapat pertama menyebutkan bahwa pondok pesantren berakar pada tradisi Islam sendiri, dan pendapat kedua mengatakan bahwa sistem pendidikan model pondok pesantren adalah asli Indonesia.