Gejala awal Hantavirus umumnya menyerupai flu, seperti demam, nyeri otot, sakit kepala, mual, dan kelelahan. Namun pada beberapa kasus, infeksi dapat berkembang menjadi gangguan pernapasan berat hingga berakibat fatal.
Khusus untuk Andes virus, jenis Hantavirus yang ditemukan di Amerika Selatan, penularan antarmanusia memang pernah dilaporkan terjadi, meski kasusnya tergolong jarang.
Masa inkubasi Hantavirus berkisar antara 1 hingga 8 minggu setelah seseorang terpapar virus. Karena gejalanya tidak langsung muncul, seseorang bisa saja bepergian atau berinteraksi dengan banyak orang sebelum menyadari dirinya terinfeksi.