Bentuk pengawasan Pupuk Indonesia adalah sesuai prinsip enam tepat, yaitu tepat mutu, tepat waktu, tepat jumlah, tepat tempat, tepat jenis, dan tepat harga.
Untuk memastikan tepat mutu, Pupuk Indonesia secara berkala melakukan pengujian produk melalui lab terakreditasi. Setiap produk juga memiliki kode produksi untuk memudahkan penelusuran jika terdapat kekurangan.
Selanjutnya, untuk memastikan tepat jenis, jumlah, waktu, dan tempat, Pupuk Indonesia memastikan ketersediaan stok pupuk subsidi di tingkat distributor dan kios resmi sesuai alokasi dari pemerintah daerah setempat. Sedangkan untuk tepat harga, Pupuk Indonesia memastikan pupuk subsidi dijual sesuai Harga Eceran Tertinggi (HET) di tingkat kios resmi.
Adapun HET untuk pupuk Urea adalah Rp2.250 per kilogram (kg), SP-36 Rp2.400 per kg, ZA Rp1.700 per kg, NPK Rp2.300 per kg, NPK untuk Kakao Rp3.300 per kg, Organik Rp800 per kg, dan pupuk organik cair Rp20.000 per liter.
HET pupuk subsidi ini ditetapkan dengan asumsi bahwa petani menebus secara langsung di kios resmi, membeli secara utuh per sak (tidak eceran), dan membayar lunas atau tunai.