Karirnya terus melesat. Dari Paspampres, dia dipromosikan dan menjabat Komandan Korem 061 Surya Kencana Bogor. Itu pun tak lama karena setelah itu Doni dipercaya sebagai wadanjen Kopassus.
Doni Monardo juga tercatat sebagai wakil komandan satuan tugas pembebasan sandera di kapal MV Sinar Kudus yang dibajak perompak Somalia.
Operasi pembebasan itu berlangsung sukses. Atas keberhasilan itu, pangkat Doni Monardo dinaikkan setingkat menjadi brigadir jenderal. Hanya beberapa bulan bintang di pundak Doni bertambah satu. Pada 25 Juli 2012 dia dipromosikan sebagai Komandan Paspampres.
Pada 2014, Doni Monardo kembali ke Korps Baret Merah, dengan menjabat Danjen Kopassus sebelum kemudian Pangdam XVI/Pattimura (2015-2017) dan Pangdam III/Siliwangi (2017-2018).
Berdasarkan Surat Keputusan Panglima TNI Nomor Kep/247/III/2018, tanggal 19 Maret 2018 tentang pemberhentian dari dan pengangkatan dalam jabatan di lingkungan TNI, Doni Monardo selanjutnya mendapat promosi bintang tiga sebagai Sekjen Wantanas.