Pada 2013, Rafael Alun Trisambodo menjabat sebagai Kepala Bidang Pemeriksaan Penyidikan dan Penagihan Pajak Kanwil Jawa Tengah I. Lalu, pada 2015 dia menempati posisi Kepala Kantor Pelayanan Pajak Pratama (KPP) Kabupaten Situbondo.
Pada 2017, dia kembali mendapat posisi strategis di DJP, yaitu Kepala Bidang Pemeriksaan Penyidikan dan Penagihan Kanwil DJP Jawa Timur I.
Setelah itu, pada 2018 dia mengemban tugas sebagai Kepala Kantor Pelayanan Pajak Modal Asing II. Kemudian, dia menjabat posisi yang hingga saat ini dia tempati.
Berdasarkan Peraturan Pemerintah (PP) Nomor 15 Tahun 2019 tentang upah PNS sesuai masa kerja golongan (MKG), gaji pokok yang diterima Rafael Alun Trisambodo sebagai pegawai DJP berkisar Rp3.044.300 hingga Rp5.901.200.
Pendapatan terbesarnya berasal dari tunjangan kinerja (tukin) yang merujuk PP Nomor 37 Tahun 2015. Dengan golongan Eselon III, Rafael Alun Trisambodo menerima tukin paling kecil Rp37,21 juta hingga terbesar Rp46,47 juta per bulan.