Seiring dengan pembangunan SO-5, maka akan dilakukan sejumlah penyesuaian. Jalur sementara (temporary track) akan diaktifkan di Jalur 1 dan Jalur 2, sedangkan Jalur 3 ditutup.
Selain itu, DJKA juga akan mengganti sistem persinyalan, serta memasang dan mengganti jaringan listrik aliran atas (JLAA) untuk menyesuaikan perubahan jalur.
“Total terdapat 8 titik pengerjaan yang akan dilakukan secara bersamaan saat SO-5 nanti dan akan menyambungkan Jalur 1 dan Jalur dua yang temporary dengan yang existing,” ungkap Rode Paulus.
Dia menjelaskan, setelah pembangunan SO-5, akan terjadi penyesuaian jalur di Stasiun Manggarai yang digunakan untuk melayani penumpang kereta api. Pasca SO-5 nanti, Jalur 1 dan Jalur 2 Stasiun Manggarai hanya akan melayani Kereta Api Jarak Jauh, dan Jalur 3 akan dinonaktifkan. Sementara, untuk KRL Jabodetabek lintas Bekasi/Cikarang Line akan dilayani di Jalur 6 dan Jalur 7 Stasiun Manggarai. Lintas Bogor Line akan dilayani di Jalur 10, Jalur 11, Jalur 12, dan Jalur 13.
Vice President (VP) Corporate Secretary KAI Commuterline, Anne Purba, mengatakan selain mengubah jalur pelayanan kereta api, pelaksanaan SO-5 juga diikuti dengan penyesuaian Grafik Perjalanan Kereta Api (Gapeka) KRL Commuterline. Dengan penyesuaian pasca SO 5, pola Gapeka KRL Jabodetabek akan mengalami perubahan yang cukup signifikan untuk Bogor Line dan Bekasi/Cikarang Line.