Lalu, pada reshuffle kabinet Jokowi menunjuk Luhut sebagai Menteri Koordinator Bidang Maritim dan Investasi. Kala itu, Luhut menggantikan Rizal Ramli.
Saat polemik dwi kenegaraan yang dimiliki Menteri ESDM Arcandra Tahar, Jokowi menunjuk Luhut sebagai Plt Menteri ESDM. Ia pun menjabat dari Agustus hingga Oktober 2016.
Tak cuma itu, Luhut juga sempat menjadi Plt Menteri Perhubungan (Menhub) pada Mei 2020. Ia menggantikan Budi Karya Sumadi yang terpapar Covid-19 sementara waktu.
Jokowi juga kembali memerintahkan Luhut menjadi Plt Menteri Kelautan dan Perikanan menggantikan Edhy Prabowo yang tersangkut kasus korupsi.
Selain menjabat sebagai Menko Marves, Luhut juga menjadi Ketua Dewan SDA Nasional. Berdasarkan Perpres 53/2022, Dewan SDA Nasional adalah wadah koordinasi pengelolaan sumber daya air pada tingkat nasional.