Sebelum terjun ke bidang bisnis, Dr. Boen sempat mengajar sebagai dosen di Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia selama beberapa tahun.
Pada tahun 1963, Boenjamin Setiawan mencoba berbisnis dengan mendirikan PT Farmindo bersama sejumlah rekannya, namun perusahaanya tersebut hanya mampu bertahan selama tiga tahun.
Penyebab kegagalan tersebut yaitu karena kurangnya pengalaman di bidang pemasaran atau marketing. Boenjamin dan rekannya mampu memproduksi produk obat-obatan namun gagal mendistribusikannya.
Kegagalan yang dialami Dr Boen tidak membuatnya patah semangat, beliau kembali mencoba berbisnis obat-obatan. Kali ini, dia mengajak saudara-saudaranya, yakni Khouw Lip Tjoen, Khouw Lip Hiang, Khouw Lip Swan, Maria Karmila, dan F. Bing Aryanto.
Kalbe Farma berdiri pada tahun 1966, dengan garasi mobil sebagai pabriknya. Dari garasi mobil di Tanjung Priok, Jakarta itulah Dr Boen mulai memproduksi obat-obatan nasional.