Kegagalan yang dialami Dr Boen tidak membuatnya patah semangat, beliau kembali mencoba berbisnis obat-obatan. Kali ini, dia mengajak saudara-saudaranya, yakni Khouw Lip Tjoen, Khouw Lip Hiang, Khouw Lip Swan, Maria Karmila, dan F. Bing Aryanto.
Kalbe Farma berdiri pada tahun 1966, dengan garasi mobil sebagai pabriknya. Dari garasi mobil di Tanjung Priok, Jakarta itulah Dr Boen mulai memproduksi obat-obatan nasional.
Pada tahun 1998, Indonesia mengalami krisis moneter. Pada saat itu Kalbe sempat bangkrut, namun Dr Boen memutuskan untuk menyelamatkan perusahaan ini dengan mengambil utang dari luar negeri.
Saat perusahaan Kalbe Farma masih kecil, Boenjamin berusaha mengembangkan produknya sendiri. Saat perusahaannya mulai besar kemudian ia mulai mendelegasikan hal tersebut pada orang lain.
Produk pertama Kalbe Farma adalah bioplasenton. Bioplasenton merupakan merupakan obat yang mengandung Placenta Extract dan Neomycin sulfate yang biasa digunakan untuk luka bakar.
Selain itu produk lain Kalbe Farma yang sukses dipasaran adalah Kalpanax yang merupakan produk OTC. Karena waktu itu banyak orang Indonesia menderita penyakit panu maka pemasaran awalnya dimulai dari dokter karena Kalpanax sangat ampuh membasmi penyakit panu.
Mengutip kalbe.co.id, Kalbe tumbuh dan bertransformasi menjadi penyedia solusi kesehatan terintegrasi melalui 4 kelompok divisi usahanya, yakni Divisi Obat Resep dengan kontribusi 23 persen, Divisi Produk Kesehatan dengan kontribusi 17 persen, Divisi Nutrisi dengan kontribusi 30 persen, serta Divisi Distribusi and Logistik dengan kontribusi 30 persen.