Pengurangan waktu perjalanan menjadi salah satu keunggulan Gapeka 2025. Misalnya, KA Argo Bromo Anggrek pada rute Surabaya Pasar Turi-Gambir kini hanya membutuhkan waktu 7 jam 45 menit, lebih cepat 20 menit dibandingkan sebelumnya yaitu 8 jam 5 menit.
Sementara itu, Kereta Pandalungan relasi Gambir-Surabaya Pasar Turi-Jember mencatat pengurangan waktu hingga 95 menit.
Peningkatan ini dicapai melalui peningkatan kecepatan operasi, penggunaan sarana kereta dengan kode F (120 km/jam), dan pengurangan waktu berhenti di stasiun tertentu.
KAI dan DJKA tetap menyediakan sejumlah kereta api public service obligation (PSO) jarak jauh dengan tarif terjangkau di berbagai rute, antara lain:
1. KA Kahuripan (Blitar–Kiaracondong PP)
2. KA Bengawan (Purwosari–Pasar Senen PP)
3. KA Sri Tanjung (Lempuyangan–Ketapang PP)
4. KA Airlangga (Surabaya Pasar Turi–Pasar Senen PP)
5. KA Serayu (Purwokerto–Kroya–Pasar Senen PP)
6. KA Kutojaya Selatan (Kutoarjo–Kiaracondong PP)
7. KA Tawang Alun (Ketapang–Bangil–Malang Kota Lama PP)
8. KA Bukit Serelo (Kertapati–Lubuklinggau PP)
9. KA Ekspres Rajabasa (Kertapati–Tanjungkarang PP)
10. KA Putri Deli (Tanjungbalai–Medan PP)
11. KA Probowangi (Ketapang–Probolinggo–Surabaya Gubeng PP)
12. KA Kuala Stabas (Baturaja–Tanjungkarang PP)
13. KA Cikuray (Garut–Pasar Senen PP).