Setelah berhasil mengusir Portugis dan menguasai Sunda Kelapa, Pangeran Fatahillah mengganti nama pelabuhan tersebut menjadi Jayakarta. Nama ini berasal dari bahasa Sanskerta; 'Jaya' berarti kemenangan dan 'Karta' berarti tercapai atau makmur, sehingga Jayakarta bisa diartikan sebagai kota kemenangan atau kota yang berjaya berkat usaha.
Tanggal 22 Juni 1527 yang menandai penyerangan dan perubahan nama ini sekarang diperingati sebagai Hari Jadi Kota Jakarta. Jayakarta kemudian menjadi pusat pemerintahan Kesultanan Banten setelah Sunan Gunung Jati menyerahkan wilayah tersebut kepada putranya, Maulana Hasanuddin.
Pada awal abad ke-17, tepatnya tahun 1619, kekuasaan Jayakarta beralih ke tangan Belanda melalui VOC yang dipimpin oleh Jan Pieterszoon Coen.
Setelah mengalahkan pasukan Kesultanan Banten, Belanda mengganti nama Jayakarta menjadi Batavia, yang diambil dari nama suku Batavieren, nenek moyang bangsa Belanda.
Batavia dibangun dengan konsep kota ala Belanda, lengkap dengan kanal-kanal untuk mengatasi banjir dan benteng pertahanan. Kota ini menjadi pusat pemerintahan kolonial dan pusat perdagangan VOC di Asia Tenggara.