Di tengah danau pada ketinggian 293 meter dpl, dapat ditemui tiga pulau, yaitu Pulau Loeha, Pulau Bolong, dan Pulau Kembar. Pulau terbesar, Loeha menjadi habitat beberapa fauna. Keseluruhan di Danau Towuti memiliki 26 spesies endemis Sulawesi.
Banyak wisatawan yang tertarik dan datang mengunjungi Danau Towuti karena memang alamnya yang sangat asri dan air danau yang sangat jernih. Wisatawan yang datang dapat menikmati keindahan Danau Towuti dengan cara berkeliling sekitar danau menggunakan speedboat atau perahu ketinting. Saat berkeliling menggunakan perahu, Anda dapat mengamati dan melihat lebih dekat vegetasi yang ada di pinggiran danau.
Keunikan dari danau ini adalah ekosistem dan keragaman hayati yang sangat endemis membuat Danau Towuti masuk dalam kategori Global Ecoregions oleh World Wide Fund for Nature. Untuk menikmati keindahan dari pulau ini, Anda hanya bisa menggunakan speedboat ataupun perahu untuk menjaga kelestarian lingkungan sekitar.
Jalan menuju Danau Towuti dari pusat Kecamatan Towuti tergolong dekat, serta bisa diakses oleh kendaraan roda dua atau roda empat, hingga sampai lokasi dermaga. Kunjungan terbaik saat cuaca sedang cerah. Dari dermaga tersebut, bagi para pengunjung yang ingin menjelajahi keindahan Danau Towuti bisa menyewa jasa speed boat, atau perahu yang sudah tersedia. Lama perjalanan menuju pulau yang berpenghuni menempuh waktu selama 2 jam.
Sebagaimana objek wisata lainnya, fasilitas utama di Danau Towuti ini juga suah lengkap. Di sini terdapat parkir, toilet, dan warung yang menjajakan makanan serta minuman. Untuk masuk ke kawasan ini, wisatawan tak dikenakan biaya sama sekali. Hanya saja, Anda memerlukan transportasi air menuju ke Danau Towuti.