1. Anggrek
Koleksi bunga anggrek di sini kurang lebih ada 293 jenis, ditata dalam taman khusus yakni Taman Anggrek. Taman dengan luas 0,5 hektare ini terbagi dalam dua wilayah, taman Anggrek bagian bawah dibuat sebagai daerah terbuka yakni tempat untuk koleksi anggrek silangan.
Sedangkan taman anggrek bagian atas dijadikan rumah untuk anggrek liar yang merupakan prioritas koleksi, mengingat besarnya manfaat dalam penelitian dan upaya pelestariannya. Koleksi anggrek di sini berasal dari berbagai wilayah di Indonesia loh! Mulai dari Bali, Nusa Tenggara, Sulawesi, Kalimantan dan Papua.
Pengunjung bisa melihat banyak jenis anggrek, contohnya vanda tricolor dengan bunganya yang berwarna putih, anggrek langka paphiopedilum javanicum, dan dua jenis anggrek endemik Bali yaitu Malleola baliensis dan Calanthe baliensis.
2. Begonia
Di rumah kaca Begonia, para pengunjung kurang lebih bisa melihat koleksi tanaman daun Begonia milik kebun raya Bali sebanyak 920 spesimen dari 94 jenis koleksi Begonia.
Begonia sendiri adalah tanaman hias daun yang unik, punya bentuk daun yang tidak simetris (asimetris). Selain Begonia alam, Begonia hybrid juga banyak di jumpai di Taman Begonia Kebun Raya Bali, salah satunya Begonia hybrid yang merupakan hasil persilangan dari Begonia alam (Begonia spesies). Selain itu di sini juga ada satu jenis hybrid baru yaitu Begonia "Tuti Siregar".
3. Tumbuhan paku
Ditata di area seluas 2 hektare yang disebut sebagai Taman Cyathea. Di sini kita bisa melihat lebih dari 80 jenis tumbuhan paku dari Bali, Nusa Tenggara, Sulawesi, Sumatera hingga Papua. Selain sebagai tanaman hias karena kesan tropis dan kuno yang ditimbulkannya, tumbuhan paku juga dimanfaatkan sebagai bahan baku kerajinan, sayuran dan obat tradisional.