Stasiun Manggarai adalah stasiun tertua yang telah berdiri sejak zaman Belanda, yaitu pada 1914. Stasiun kereta api ini terletak di Kelurahan Manggarai, Kecamatan Tebet, Jakarta Selatan yang dulunya dijadikan tempat tinggal dan pasar budak asal Manggarai, Flores. Setelah itu, wilayah ini berkembang menjadi kampung.
Pembangunan Stasiun Manggarai dimulai pada 1914 oleh arsitek Belanda bernama Ir. J. Van Gendt. Meskipun belum selesai secara keseluruhan, Stasiun Manggarai tetap diresmikan pada 1 Mei 1918. Bertepatan dengan ulang tahun ke-50 Staatsspoorwegen (SS), perusahaan ini mengoperasikan kereta listrik pertama kali dengan lintas Jakarta-Tanjung Priok. SS melanjutkan proyek elektrifikasi sampai Stasiun Manggarai yang rampung pada 1 Mei 1927.
Stasiun Manggarai mempunyai nilai historis yang tinggi. Stasiun ini menjadi saksi dari persiapan perjalanan presiden dan wakil presiden dalam rangka pemindahan ibu kota sementara ke Yogyakarta pada 4 Januari 1946. Selain itu, Panglima Besar Jenderal Soedirman juga pernah singgah di Stasiun Manggarai dalam rangka menghadiri perundingan gencatan senjata di Jakarta.
Kedatangan sang Panglima dan rombongan di Stasiun Manggarai pada 1 November 1946 kala itu disambut sorak sorai rakyat Indonesia. Oleh karena itu, pada 1993, stasiun ini ditetapkan sebagai bangunan cagar budaya yang terdaftar di Kementerian Kebudayaan dan Pariwisata dengan nomor registrasi RNCB.19990112.04.000470 berdasarkan Peraturan Menteri Kebudayaan dan Pariwisata Nomor: PM.13/PW.007/MKP/05, Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 011/M/1999 dan Surat Keputusan Gubernur DKI Jakarta No. 475 Tahun 1993.
Kini Stasiun Manggarai tengah menjalani proses revitalisasi. Ke depannya, Stasiun Manggarai akan tampil dengan wajah baru yang lebih hijau. Pemandangan hijau dan asri di Stasiun Manggarai, selain juga bangunan yang modern dengan berbagai fasilitas, akan menemani para pengguna kereta dalam melakukan aktivitasnya.