Dokter Jerman Robert Koch mengumumkan isolasi basil anthrax, yang dikonfirmasi Pasteur. Koch dan Pasteur secara independen memberikan bukti eksperimental definit bahwa basil anthrax memang bertanggung jawab atas infeksi.
Pasteur ingin menerapkan prinsip vaksinasi pada antraks. Dia mempersiapkan cultures of the bacillus setelah menentukan kondisi yang menyebabkan hilangnya virulensi organisme.
Pada musim semi 1881 dia memperoleh dukungan keungan, kebanyakan dari petani, untuk melakukan percobaan publik besar-besaran dari imunisasi antraks. Percobaan berlangsung di Pouilly-le-Fort, yang terletak di pinggiran selatan Paris.
Pasteur mengimunisasi 70 hewan ternak dan percobaan tersebut sukses besar. Prosedur vaksinasi melibatkan dua inokulasi pada interval 12 hari dengan vaksin dari berbagai potensi.
Satu vaksi, dari kultur virulensi rendah, diberikan kepada separuh domba dan diikuti oleh yang kedua dari kultur yang lebih ganas dibanding yang pertama. Dua minggu kemudian setelah inokulasi awal ini, domba yang divaksinasi dan kontrol diinokulasi dengan strain antraks yang ganas.