Berdasarkan cerita rakyat, leluhur pertama orang Waai berasal dari Seram dan tiba di pesisir timur Pulau Ambon sebelum mendaki Gunung Salahutu.
Marga Bakarbessy memiliki peran penting dalam sejarah Maluku, terutama dalam konteks perdagangan rempah-rempah dan kedatangan penjajah Eropa.
Pada abad ke-17, orang-orang Belanda datang dengan misi kristenisasi, yang dipimpin oleh Pendeta van Horen.
Pendeta ini mengajak penduduk setempat untuk turun dari pegunungan dan menetap di tepi pantai, yang kemudian menjadi pusat pemukiman baru.
Menurut Buku Sejarah Negeri Waai dan Lumatau karya Palijama, Maria, dan Seleky (Pusat Studi Maluku Universitas Pattimura Ambon, 2012), leluhur masyarakat Waai berasal dari Seram dan Jawa (khususnya Tuban).