Kerja sama Pirlo dan Rui Costa di AC Milan berlangsung dari 2001 hingga 2006. Kehadiran kedua pemain ini membuat lini tengah I Rossoneri begitu menakutkan di eranya.
Pirlo dan Rui Costa jadi pujaan Milanisti karena berhasil mempersembahkan sejumlah trofi. Rinciannya yakni satu scudetto, satu Coppa Italia, satu Piala Super Italia, satu Piala Super Eropa dan satu Liga Champions.
Rui Costa meninggalkan AC Milan pada 2006 untuk kembali ke klub lamanya Benfica. Pirlo tetap bertahan bersama I Rossoneri dan merengkuh lebih banyak trofi.
Kemudian Pirlo pindah ke Juventus. Bersama Si Nyonya Tua, sang dirigen orkestra tak kehilangan kecerdasan dan mempersembahkan empat scudetto beruntun.