Tidak hanya berkiprah di liga domestik, Loncar juga memiliki pengalaman tampil di berbagai kompetisi antarklub Eropa, termasuk UEFA Champions League, UEFA Europa League, dan UEFA Europa Conference League.
Salah satu pencapaian terbaiknya diraih saat membela Ferencvárosi TC. Bersama klub asal Hungaria tersebut, Loncar sukses mempersembahkan dua gelar Liga Hungaria atau Nemzeti Bajnokság I.
Kedatangan Stjepan Loncar semakin mempertegas keseriusan Persija membangun skuad kompetitif untuk musim 2026-2027. Dengan pengalaman panjang di sepak bola Eropa dan level internasional, dia diharapkan menjadi motor baru di lini tengah Macan Kemayoran.