Namun, ketika peluang menjadi pemain inti mulai terbuka lebar, kariernya terhambat oleh rentetan cedera.
Secara keseluruhan, Rafinha mencatatkan 90 penampilan bersama Barcelona, dengan torehan 12 gol dan delapan assist di semua kompetisi.
Setelah meninggalkan Camp Nou, Rafinha menjalani beberapa periode singkat sebagai pemain pinjaman di Inter Milan. Ia kemudian kembali ke Celta Vigo selama satu musim, klub yang juga pernah dibela ayahnya, Mazinho, legenda sepak bola Brasil. Pada tahun 2020, Rafinha melanjutkan karier ke Prancis dengan bergabung bersama Paris Saint-Germain.
Selama dua musim berseragam PSG di Parc des Princes, Rafinha sempat merasakan atmosfer Ligue 1 sebelum kembali ke Spanyol sebagai pemain pinjaman di Real Sociedad untuk satu musim terakhirnya di Eropa.
Usai meninggalkan Real Sociedad, Rafinha mencoba peruntungan di Qatar bersama Al-Arabi. Namun, ia kembali kesulitan mendapatkan menit bermain secara konsisten. Setelah berpisah dengan klub tersebut secara gratis pada musim panas 2024, Rafinha praktis absen dari sepak bola selama 18 bulan.