Pengalaman Fajar tidak hanya terbatas di level klub. Dia juga memiliki jam terbang bersama Timnas Indonesia di berbagai kelompok umur, mulai dari U-16, U-19, hingga U-23.
Salah satu pencapaian terbesar Fajar hadir bersama Timnas Indonesia U-23. Dia menjadi bagian skuad Garuda Muda yang sukses merebut medali emas SEA Games 2023, pencapaian prestisius di level Asia Tenggara.
Dengan usia muda, pengalaman kompetitif, dan ambisi besar, Fajar Fathurrahman diharapkan menjadi kepingan penting dalam misi Persija Jakarta menambah koleksi gelar juara.