Sementara, karier di klub, Sommer memulai di klub Swiss, Basel tahun 2006/2007. Sommer merupakan didikan asli Basel.
Namun dalam kariernya di Basel, Sommer sempat dipinjamkan ke FC Vaduz dan Grashopper. Setelah kembali ke Basel, Yann Sommer mendapat tempat utama di bawah mistar. Sommer membantu Basel menjuarai Liga Super Swiss 4 kali dan Piala Swiss 1 kali.
Kemudian, pada 2014, Sommer dipinang klub asal Jerman Borussia Moenchengladbach (Gladbach). Prestasi terbaik Yann Sommer di Bundesliga yakni masuk Team of the Season 2019/2020.