Asal mula klub ini dimulai pada 1935 saat terbentuk klub sepakbola Verbroedering Denderhoutem. Klub ini lebih banyak bermain di kasta keempat Liga Belgia dan di bawahnya hingga 1999.
Sejak 1999, Verbroedering Denderhoutem konsisten bermain di divisi ketiga hingga musim 2004-2005. Hingga pada 2005, klub ini melakukan merger dengan KFC Denderleeuw Eendracht Hekelgem dengan nama FCV Dender EH.
Setelah proses merger itu, FCV Dender sempat menjajal untuk bermain di kasta tertinggi Liga Belgia selama dua musim, yaitu pada 2007-2008 dan 2008-2009. Setelahnya, mereka kembali merosot dan bermain di kasta bawah.
Pada 2018, FCV Dender EH diakuisisi pengusaha asal Indonesia, Sihar Sitorus. Kemudian dalam struktur kepengurusannya, tercatat ada nama orang Indonesia lain yang menjabat sebagai General Manager FCV Dender, yaitu Belinda Siahaan.
Sejak diakuisisi oleh Sihar Sitorus, FCV Dender kembali mengalami peningkatan performa. Hingga pada musim 2021-2022, FCV Dender berhasil menjuarai divisi ketiga Liga Belgia dan promosi ke divisi kedua.
Kemudian pada 2024-2025 FCV Dender akhirnya kembali promosi ke Liga 1 Belgia setelah finis kedua di Liga 2 Belgia musim lalu. Kini klub yang dilatih Vincent Euvrard itu berada di posisi kedua klasemen.
Menarik untuk dinantikan bagaimana kiprah Ragnar Oratmangoen bersama FCV Dender. Ini akan menjadi menarik karena dia bakal bersua pemain Timnas Indonesia lainnya, Sandy Walsh yang juga merumput di Liga 1 Belgia dengan membela KV Mechelen.