Penampilannya yang apik bersama Atletico Madrid membuat klub-klub Eropa lain meliriknya. Bersama klub Ibu Kota Spanyol, dia mampu mencetak 101 gol dari 234 penampilan plus berhasil memenangi titel Liga Europa dan Piala Super Eropa pada tahun 2010.
Aguero kemudian menandatangani kontrak dengan Manchester City, pada Juli 2011. Selama 10 tahun, dia punya andil besar membawa The Citizens memenangkan lima gelar Liga Inggris.
Pada tahun 2021, dia bergabung dengan Barcelona dengan status bebas transfer. Sayangnya, Aguero hanya bermain 5 bulan sebelum akhirnya sebelum pensiun dari sepak bola.
Penampilan perdananya untuk Barcelona terjadi di El Clasico pada 24 Oktober 2021. Saat itu, Aguero masuk sebagai pemain pengganti pada menit ke-77 dan sempat mencetak gol pertamanya untuk klub tersebut pada menit akhir permainan. Gol Aguero mempertipis kekalahan Barcelona 1-2 dari Real Madrid .
Di tingkat internasional, Aguero pernah mewakili tim U-20 Argentina saat mereka memenangkan Piala Dunia U-20 FIFA 2005 dan 2007 .