Jean Mota dikenal luas berkat perjalanan kariernya di kompetisi papan atas Brasil. Dia memulai karier profesional bersama Portuguesa pada periode 2013–2015 sebelum bergabung dengan Santos dari 2016 hingga 2022.
Setelah itu, dia sempat memperkuat Fortaleza pada 2015–2016 serta EC Vitória pada musim 2024–2025. Pengalaman tersebut membentuk karakter permainan Jean sebagai gelandang yang matang secara taktik.
Dia juga merasakan atmosfer Major League Soccer saat membela Inter Miami pada 2022–2024. Pada periode itu, Jean Mota sempat bermain satu tim dengan Lionel Messi di kompetisi Amerika Serikat.
Sebelum resmi direkrut Persija Jakarta, Jean Mota tercatat membela Vila Nova FC pada musim 2025–2026. Rekam jejak tersebut membuat Persija berharap dia mampu memberi keseimbangan permainan dan solusi saat tim mengalami kebuntuan.